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基迪奥Omicsmart直播课堂:微生物第三课

作者: 来源: 时间:2019-08-21

人体健康/患病与肠道微生物的关系、发酵优/劣与微生物的关系……这些都需要我们对不同的微生物群落进行比较区分,从而揭示机制。那么,如何对微生物群落进行比较区分呢?比如我们可以很容易区分草原和森林,但并不是因为构成草原的植物和构成森林的植物它们进化距离的远近。对于微生物世界也是如此,区分不同的微生物群落,功能(what they can do)比物种(whos there)更有生物学价值。


所以,进行了一系列物种、α、β多样性分析后,功能分析也是很有意义的。生态学家们也注意到了这一需求,所以开发了比宏基因组和基因芯片更亲民的功能预测软件,基于16S/ITS序列即可获得群落的功能信息。


宏基因组可以获得群落总DNA的信息,同时包含了功能基因的丰度和序列信息,数据量很大,信息处理和分析应用的难度较大。基因芯片可以获得探针对应的功能基因的丰度,针对性比较强。对于大样本量的分析,16S/ITS可以很容易实现,既可以进行非常丰富的分析探索,也能为后期宏基因组等的分析提供参考。再加上基于16S/ITS的功能分析,岂不是很完美。


那么,16S/ITS为什么可以进行功能分析呢?这样的预测靠谱吗?这些都可以在本期课程中获得答案。


图1 Omicsmart主题月微生物多样性课程安排

 

关于功能分析,如果有方法上的纠结、分析画图的困扰,比如:


功能预测如何实现?

可以相信吗?

预测方法有何差异?

如何选择预测软件?

功能分析的结果如何展示?

如何进行高效的差异分析?

……


解答这些疑问,欢迎大家加入本期在线课堂寻找答案,我们等你哦!

 

课程目录

1 知识梳理

1.1 功能分析原理

1.2 功能分析准确性

1.3 功能分析可视化形式

2 数据探索

2.1 预测软件选择

2.2 个性化图形展示

2.3 高效差异分析

3 经验总结

 

直播地址:

Omicsmart微生物用户群(QQ群:779028977

扫描图中二维码加入QQ群 。我们将在明天(周四)下午4点以群视频的方式进行直播和在线互动。我们期待和你一起学习交流进步!

 

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